◎儿科学教研组（1953-1958年）
江苏医学院（南京医科大学前身）1953年成立儿科学教研组,开展儿科学教学。当时在江苏医学院附属医院（镇江）有儿科床位20余张。1956年，中央卫生部发文，江苏医学院迁南京后改名南京医学院，学制五年，设医疗、儿科、卫生三个专业。1953、1958年招收两届儿科学五年制本科生，共入学111人。1956年儿科学教研组颜守民教授招收1名副博士研究生姜新猷。1958年颜守民兼任儿科学教研组主任，钱倩为副主任。儿科副主任瞿承亮奉中央卫生部指示，支援新疆医学院建设。
儿科专业课程讲义和参考用书 1958年儿科首届毕业生合影
◎儿科系（1959-1999年）
1959年儿科系成立。1962年1月，儿科系成立小儿内科、小儿外科、小儿传染病和儿科基础四个教研组，同年12月招收三年制硕士研究生。1965年 成立儿科研究室。之后经历儿科系撤销等变故，十年动乱结束后，1978年恢复儿科学研究室。1979年联合北京医学院召开首次全国儿肾科研协作组会议，统一了小儿肾炎、肾病的临床分类、诊断、有关实验室检查治疗及疗效观察标准等。1981年“儿科学”被国务院首批批准为硕士学位授予点，1982年恢复儿科学系，并恢复五年制本科的招生。1986年在二附院建成省内面积最大的儿保中心大楼。1988年儿科学被批准为博士学位授予点。1994年“儿科学”被评为省级重点学科。1997年，接受儿科学博士后进站工作，1999年授予“儿科学博士后流动站”。1999年儿科学被评为省级重点课程。
儿科系教研活动 1979年首次全国儿肾科研协作组会议
1986年二附院儿保中心大楼落成典礼 儿科系教师部分编书
期间，儿科系领导更迭如下：
1960年 颜守民兼任儿科系主任；吴中任儿科系党总支书记。
1962年 周欣吾任儿科系副主任。
1983年 陈士垣任儿科系主任，王洁民、陈荣华任副主任。陆启珍任儿科系党总支副书记。
1985年 戴玉厚兼儿科系党总支书记，陆启珍任副书记。
1988年 戴玉厚任儿科系党总支书记，林晖任副书记。
1992年 陈荣华兼任儿科系主任，卜家俊兼副主任，曹家和任副主任；伏延新兼儿科系党总支书记，刘霞任党总支副书记。
1999年 林晖任儿科系总支书记兼系副主任。
◎ 第二临床医学院（1999-2006年）
1999年7月，学校撤消儿科系，成立第二临床医学院。林晖为党总支书记、院长，尤晓平为党总支副书记、副院长，周鸣、张颖冬、葛传生为副院长。
第二临床医学院下设四部和一个儿科医学研究所，以第二附属医院、附属脑科医院、附属南京儿童医院、南京市妇幼保健院为临床教学和实习基地，共有16个教研室。儿童保健、肾脏、新生儿、呼吸和感染、消化、心脏、血液、内分泌和神经等专业是江苏省儿科学的临床教学、科研和医疗中心，其中儿童保健和小儿肾脏病学专业处于国内领先，小儿感染处于省内领先水平，新生儿及消化均具有显著的特色。脑科医院是卫生部精神医学、儿童精神医学培训中心，神经内科、脑电图、脑立体定向与功能神经外科是江苏省的临床教学、科研和医疗中心。精神科是省级重点学科，司法精神科、医学心理科、立体定向与功能神经外科是南京市属重点专科。1991年和1993年国家教委先后确定该院为神经病学和精神卫生学硕士研究生学位点。2003年，神经病学被国家教委授予博士点，应用心理学被授予硕士点。
林晖、尤晓平与儿科学博士生合影 附属脑科医院示范神经系统检查
第二附属医院开展教学查房活动 附属南京儿童医院(校优秀临床教学基地)
截止2006年，在编教师共35人，其中25人为教师。三个附院还有人数众多的非在编师资队伍。具有高级职称的教师坚持深入教学第一线，全部参加授课，主要课程理论授课学时数达65%。博士生导师5人，硕士生导师35人。
学院培养专业有临床医学（儿科方向）七年制、临床医学（儿科方向）五年制、临床医学（心理卫生方向）五年制。同时承担全校神经病学、精神病学及医学心理学的教学任务和口腔、卫生管理、妇幼等专业医学临床课的教学任务，承担成人继续教育学院、民办康达学院的部分医学临床课的教学任务。第二临床医学院全体师生员工勇于探索教学改革实践，首次在全校开展学分制改革，首次在全校尝试PBL教学改革。
从1953年至2006年，学院培养一大批儿科医学、心理卫生、神经病学、应用心理学、精神病与精神卫生学等各类医学人才。入学总人数为1646人，毕业总人数为1350人，其中博士毕业生19人，硕士毕业生129人，本科毕业生1202人。