南京医科大学第四临床医学院渊源于“江苏医学院”1953年成立的儿科学教研组，1959年成立儿科系，1999年学校撤消儿科系，成立第二临床医学院，儿科系、第二临床医学院是第四临床医学院的前身。当时本科及七年制开办专业有：临床医学（儿科方向）、临床医学（精神卫生方向）、临床医学（心理卫生方向）。有儿科学、神经病学2个博士学位授权点，儿科学、神经病学、精神病学、应用心理学4个硕士学位授权点。1953-2006年以来，颜守民、姜新猷、钱倩、陈荣华、陈士垣、陶国泰等一批国内知名专家薪火相传，培养了大批优秀的医学专业人才，毕业总人数为1350人。
2007年学校重组资源，成立第四临床医学院，由附属脑科医院、附属儿童医院、附属妇产医院、附属眼科医院、附属友谊整形外科医院、附属明基医院、附属肿瘤医院、儿科医学研究所及儿科学系“七院一所一系”组成。2018年3月，为加强和促进儿科专业发展，优化学科资源配置，学校成立儿科学院，儿科学专业及附属儿童医院、儿科医学研究所调整至儿科学院。
学院目前由附属脑科医院、附属妇产医院、附属眼科医院、附属友谊整形外科医院、附属明基医院、附属肿瘤医院、附属老年医院、精神医学系、眼视光学系、放射医学系“七院三系”组成。七所附院是三级甲等医院，拥有精神科、肿瘤科、胸外科、眼科、心胸外科5个国家临床重点专科，23个省级临床重点专科，5个国家级住院医师规范化培训基地（含协同医院）专业基地。2所附院享誉全国专科医院声誉排行榜，附属脑科医院精神病学排名全国专科第6，附属肿瘤医院肿瘤学排名全国专科第9。“精神病学/心理学”学科位列ESI学科排名全球前1%。附属肿瘤医院入选“江苏省研究型医院”名单。神经病学、精神病学、妇产科学、眼科学、整形外科学、肿瘤学、胸外科学、护理学、麻醉学等在2021年度中国医院科技量值（STEM）暨中国医院五年总科技量值（ASTEM）排行榜上有名。
学院现有2个院士工作站（黎介寿、陆道培院士工作站），1个院士工作基地（钟南山院士国家呼吸系统疾病临床医学研究中心可视化智慧医疗示范基地），1个中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室，2个省级医学创新中心——肿瘤医学创新中心、精神疾病医学创新中心，4个省级研究中心——江苏省儿童青少年近视防控研究中心、江苏省癌症中心、江苏省眼科学和视觉科学工程研究中心、江苏省抗肿瘤新药临床实验及上市后再评价工程研究中心，1个省级重点实验室——江苏省恶性肿瘤分子生物学及转化医学重点实验室，5个校级重点实验室——眼视光学和视觉科学、红十字眼库、肺癌转化医学研究所、脑功能影像研究所、认知行为治疗研究所，5个校级研究中心——南京医科大学生殖医学国家重点实验室孤独症研究中心、生殖医学国家重点实验室队列研究基地、南京医科大学肺部结节诊疗研究中心、南京医科大学护理研究中心肿瘤护理研究分中心、南京医科大学外科感染与免疫临床转化研究中心，2个校级研究院——南京医科大学脑科学研究院、临床肿瘤学院。精神病与精神卫生学、妇产科学、肿瘤学、眼视光学等4个学科为校级重点学科（优选学科）。“十三五”以来，学院的科研水平不断跃升，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。“十三五”期间，我院国自然项目共计立项221项，发表高水平研究论文1366篇，获市厅级以上高质量科研成果109项。2022年，发表高水平研究论文491篇，获市厅级以上各类高质量科研成果24项。2023年，获得24项国家自然科学基金项目。
学院现有49个教研室，截止2023年9月统计，共有在岗教学职称临床教师581人，其中教授50人，副教授119人，讲师412人。共有在岗研究生导师267人，其中博士生导师53人。承担眼科学、精神病学、神经病学、医学心理学、妇产科学等专业课教学，年承担本科理论教学任务约7300学时。其中医学心理学、眼视光学理论和方法、放射物理学为校级一流本科课程，妇产科学、验光学、外科学（整形）为校级优秀网络课程，“青光眼诊疗虚拟仿真实验教学”项目为校级虚拟仿真实验教学一流课程。
学院目前招生专业层次齐全，培养四年制、五年制、硕士生、博士生、博士后各层次学生。本科生培养专业有五年制精神医学、五年制放射医学、五年制眼视光医学、四年制眼视光学，年招生约150人。研究生培养专业有应用心理学、神经病学、精神病与精神卫生学、眼科学、妇产科学、肿瘤学、外科学等学科门类，年招生约190人。除了是临床医学一级学科学位点以外，2011年获批心理学一级学科硕士学位点，2019年获批医学技术一级学科博士学位点，眼视光学专业、精神医学专业先后获批国家级一流本科专业建设点。在软科发布的“中国大学专业排名”中，眼视光学专业连续两年（2021、2022）获评A+等级，居全国第一位，精神医学专业连续两年（2021、2022）获评A等级，居全国第三位。
学院目前在读学生共1425人，其中研究生789人（含在职研究生181人，留学生11人），本科生636人。设立恩华精神医学、晓园精神医学、目立康眼视光、明德眼视光、医科达放射医学等奖学金。自2007年建院以来共有3000余名毕业生获得学位（包括非全日制研究生），获得学位的毕业生比例为99.8％，近三年就业率100％。
学院重视与境内外著名大学和科研单位的交流和合作，已与美国维恩州立大学医学院、美国南加州Allele Biotech、美国德克萨斯大学、美国圣路易斯大学、瑞典Umea大学护理学院、香港理工大学、温州医科大学、天津医科大学、中南大学湘雅二院等院校开展学术交流活动。
学院发展目标是：以本院所辖七家附属医院医教研资源优势，落实校院合作的“加强沟通、主动服务、整合资源、协同发展”十六字方针，打造品牌特色专业与重点学科，做好紧缺专业人才培养，提升临床医学院对学校临床提升战略的贡献度。
（2023年10月更新）